Начиная с четвёртого-пятого сезонов, сериал претерпевает определённые изменения. Ранние эпизоды основывались на шокирующем, часто абсурдистском юморе с сильным влиянием Монти Пайтона; на формирование стилистики шоу существенно повлиял британский юмор в целом. Постепенно поменялись и персонажи, и общая стилистика. Так, эпизод «Скотт Тенорман должен умереть», который создатели называли поворотным моментом в истории сериала, впервые показал, что один из главных героев, Эрик Картман, — не просто противный ребёнок, но один из чудовищнейших детей на планете. В сериале всё острее поднимаются социальные и культурные проблемы, затрагивается тематика терроризма («Мультипликационные войны»), иммиграции («Goobacks»), однополых браков («Следи за яйцом!»), инцидента с Терри Шайво («Лучшие друзья навсегда») и многие другие.
В эпизоде «Большая общественная проблема» шоу «South Park» побило рекорд по ругательствам: слово «shit» (дерьмо) было произнесено 162 раза. За 22-минутный эпизод это слово произносилось в среднем каждые 8 секунд, и на экране даже был счётчик, показывающий, сколько раз это слово было произнесено.
В шестом сезоне (2002 год), в эпизоде «Это уже было в „Симпсонах"», «Южный парк» отдал своего рода дань анимационному сериалу, оказавшему на него несомненое влияние, — «Симпсонам». В этом же сезоне вышла серия «Даёшь шляпу», в которой создатели подняли проблему ремастированных переизданий классических голливудских фильмов: после анонса ремастированного издания «Инопланетянина» Кайл высказывается по телевидению о том, что ужаснее этого — только ремастеринг «В поисках утраченного ковчега». Стивен Спилберг и Джордж Лукас загораются этой идеей, и в итоге оказываются покараны. Вскоре после выхода этой серии реальные Спилберг и Лукас объявили, что отказываются от планировавшейся идеи выпустить на DVD ремастеринг первого «Индианы Джонса». Паркер и Стоун в шутку сказали, что именно эпизод послужил причиной того, что изменения не были внесены. Доподлинно известно, что они получили письмо от Спилберга по поводу эпизода; по их мнению, он, хотя и написал, что оценил шутку, на самом деле вовсе её не оценил.
Серия 9 сезона «Лучшие друзья навсегда» стала первой в сериале, получившей награду «Эмми». Сейчас у сериала уже две «Эмми» — вторая была получена в 2007 году за серию «Занимайтесь любовью, а не Warcraft'ом».
В 2007 году в рамках 11 сезона вышла первая в сериале трилогия, «Воображеньелэнд» — эпизод I, эпизод II, эпизод III. Первоначально этот тройной эпизод задумывался как второй в истории «Южного парка» полнометражный фильм, хотя ещё в 2006 году Мэтт Стоун упомянул о малореальности выхода нового полнометражного фильма. Одиннадцатый сезон сериала стал крупным успехом, достигнув крайне высоких рейтинговых показателей — самых высоких среди мужчин 18-24 лет с 1998 года и среди 18-49 лет с 2000 года; крупными рейтинги стали не только в сравнении с предыдущими сезонами, но и на фоне других программ кабельного телевидения за год.
